迅速な対応、記事への追記ありがとうございます！！。

確認したところ、私のデータでは久坂の会話イベントが最初のひとつしか留魂録になく見直す以前の問題があったようです、一旦置いておいて本編クリアを目指しクリア後にもう一度確認したところ、留魂録に久坂の会話イベントが追加され無事比翼の契りを発生させることが出来ました。

同じような問題の方がいればとりあえず本編クリアを目指すのが良さそうです。

私も久坂玄瑞の好感度を上げたところ比翼の契りが発生しませんでした。

私の場合は留魂録から再度会話イベントを見直したら
すぐに比翼の契りが出来るようになったので試してみてください。

記事には追記しておきました。

検証して頂ければ幸いです。